Das Werner Otto Institut ist ein Sozialpädiatrisches Zentrum – das heißt, es ist auf die Diagnostik und Behandlung von Entwicklungsverzögerungen und Behinderungen bei Kindern und Jugendlichen und die Beratung der Eltern spezialisiert. Die Ärzte, Psychologen, Therapeuten und Pflegekräfte arbeiten eng mit niedergelassenen Kinderärzten und anderen Fachmedizinern, Therapeuten sowie Kinder- und Jugendpsychiatern zusammen.
Der Fachbereich des Evangelischen Krankenhaus Alsterdorf Kinder- und Jugendpsychiatrie arbeitet eng mit dem Werner Otto Institut zusammen.